Не будет ли нарушением, если заказчик протоколом разногласий откажется от оплаты аванса?

Да, заказчик может составить протокол разногласий, но в случае закупки тепловой энергии (мощности) или электроэнергии есть нормы специального законодательства, регламентирующие сроки оплаты, поэтому в этих случаях протокол разногласий не соответствует закону и контрагент, не согласует изменение порядка оплаты. По водоснабжению и водоотведению порядок оплаты можно изменить для бюджетных и казенных учреждений, казенных предприятий. Если в специальном законодательстве установлен срок оплаты, то применяют его нормы, а не 44-ФЗ. В п.82 ПП РФ №442 от 04.05.2012г. "О функционировании розничных рынков электрической энергии, полном и (или) частичном ограничении режима потребления электрической энергии" указано, что заказчик, который приобретает электрическую энергию у гарантирующего поставщика, оплачивает ее в таком порядке: 30 % – до 10-го числа текущего месяца; 40 % – до 25-го числа текущего месяца; остаток – до 18-го числа следующего месяца. Аналогичная ситуация по теплоснабжению. Постановлением Правительства РФ от 08.08.2012 N 808 установлен авансовый порядок оплаты тепловой энергии. По холодному водоснабжению и водоотведению п.28 Постановления Правительства РФ от 29.07.2013 № 644 "Об утверждении Правил холодного водоснабжения и водоотведения и о внесении изменений в некоторые акты Правительства Российской Федерации" утвержден авансовый порядок оплаты услуг, но п.29 ПП №644 не распространяет его действие на бюджетные и казенные учреждения и казенные предприятия. Поэтому такие заказчики могут согласовать иной порядок оплаты за водоснабжение и водоотведение.